Por lo general, en ambientes en los que no se ha detectado ninguna amplificación específica, las bacterias dominantes deben ser las correspondientes a la flora bacteriana normal humana, es decir, bacterias Gram positivas, pertenecientes a los géneros de Micrococcus y Satphylococcus. Las concentraciones ambientales elevadas, de estos tipos de bacterias, que se encuentran en la piel y en las secreciones respiratorias, indican que los niveles de ocupación son altos y/o que la renovación del aire, es insuficiente. Si las bacterias dominantes son Gram negativas, indica la existencia de focos de contaminación inusuales. Por ejemplo: niveles elevados de enterobacterias, sugieren un foco de contaminación de origen gastrointestinal, (extracciones de los lavabos). Si las bacterias encontradas son Pseudomonas sp., el foco de contaminación más probable, serán aguas estancadas y contaminadas. Los bacilos Gram positivos esporulados, las levaduras y los mohos, son indicadores de contaminación, a partir del suelo.

Son componentes (lipopolisacáridos) de las membranas externas, de las bacterias Gram negativas. Son altamente tóxicos y pueden causar fiebre y malestar, alteración en el número de leucocitos, alteraciones respiratorias etc. Algunos autores, sugieren que pueden provocar un incremento entre 100 y 1.000 superiores a los niveles medidos, en los ambientes control.

Es muy importante, realizar un recuento selectivo de hongos, (levaduras y mohos). La importancia de la contaminación fúngica por mohos, proviene, no sólo del potencial de los hongos para deteriorar los alimentos, (capacidad alterativa), sino también, del potencial de muchos de ellos, para producir gran variedad de micotoxinas, metabolitos fúngicos, con actividad tóxica, a los que el hombre es susceptible y de su capacidad, para provocar reacciones alérgicas en personas hipersensibles a los antígenos fúngicos y de su poder patogénico, (micosis).

La contaminación por hongos, es un serio problema en ambientes cerrados, pequeños, mal ventilados, o húmedos. Un incorrecto uso del aire acondicionado, implica la proliferación de levaduras y mohos. Estos microorganismos, alteran las propiedades organolépticas de los alimentos. Algunos producen terribles toxinas cancerígenas y la respiración de altas concentraciones de esporas fúngicas, se asocia a procesos de reacciones alérgicas, hipersensibilidad e incluso asma. Son los microorganismos más asociados al Síndrome del Edificio Enfermo. Sus esporas, son fácilmente dispersadas por el aire. Del mismo modo que en las bacterias, en los hongos, es fundamental la identificación y cuantificación.

El origen de los hongos, que habitualmente se encuentra en ambientes interiores, es mayoritariamente del exterior, por lo que preferentemente, se utiliza este como ambiente control. Las diferencias en las relaciones, entre los hongos del interior y del exterior dependen, fundamentalmente del sistema de ventilación disponible. Esta relación, es prácticamente idéntica, cuando el edificio es ventilado de forma natural, mientras que, en edificios ventilados de forma mecánica, incluso, en los que el sistema de filtración es deficiente, la concentración de hongos encontrados en el interior, debería ser menor a la presente en el exterior. En cualquier caso, los diferentes tipos de hongos encontrados en el interior, deberían corresponder a las especies del exterior, propias de la estación climática. Los niveles de hasta 100 ufc/m3 de hongos saprófitos pueden ser considerados normales, siempre y cuando, se trate de ambientes, en los que no exista población con deficiencias o enfermedades del sistema inmunitario.

Durante los procesos de destrucción de la materia orgánica, utilizada como fuente de energía por los hongos, se producen metabolitos secundarios; algunos de ellos, son tóxicos para las bacterias, (antibióticos como la Penicilina), mientras que, otros lo son para los animales y para los seres humanos. Los géneros Aspergillus, Penicillum y Fusarium son los que elaboran las micotoxinas más nocivas, entre las que cabe enumerar; aflatoxinas (cancerígena), patulina, tricotecenos (letal), ocratoxinas, zearalenona, ácido penicílico…

Muchas cepas de los hongos, denominados toxigénicos, no producen micotoxinas de una forma rutinaria y algunos, solo las producen en condiciones de laboratorio. En muestreos ambientales, con medios de cultivo inespecíficos, algunos de estos hongos, no pueden competir con otras especies de hongos, por lo que, los niveles de hongos toxigénicos son inferiores, a los niveles ambientales reales.